综合计算工时工作制，即针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以月、季、年为周期综合计算工作时间的工时制度。那么用人单位在劳动合同中明确约定员工实行综合计算工时制，由此提出不予支付员工休息日加班工资的是否能得到支持？加班工资该如何计算？
【案例分析】
吴某2013年10月入职成都某餐饮公司（以下简称“A公司”）。2016年11月双方签订劳动合同，期限为2016年11月1日至2017年10月31日，吴某从事厨政岗位；并约定A公司对吴某该岗位实行综合计算工时制度；吴某月工资为1500元，按月计发。
2017年11月，双方续签劳动合同，期限从2017年11 月1日至2020年10月31日，其余条款不变。
2018年6月25日，吴某向A公司邮寄解除劳动合同申请书，载明因公司未按时发放工资等原因，吴某申请解除劳动合同。A公司于次日签收。同年8月20日吴某申请仲裁，请求裁决：A公司支付休息日上班工资20082.76元、法定节假日加班工资6372.41元、延时加班工资57508.14元；同年10月吴某因仲裁庭逾期未作出仲裁裁决而向人民法院提起诉讼。
一审法院认为：
劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，吴某虽于2013年入职，但其2018年8月20日才申请仲裁，其关于加班工资的诉讼请求已部分超出仲裁时效，仅对一年仲裁时效期间内即2017年8月20日起至吴某离职时2018年6月26日的加班费予以支持。
A公司虽然主张吴某该岗位实行综合计算工时制但未提交证据证明其经过成都人社局批准，故吴某的加班工资应按照正常工时标准而非综合计算工时制计算。结合吴某银行流水一审法院认定吴某每月平均固定工资3300元，每月发放的福利费应为加班补助。
A公司主张已安排调补休、不应支付加班工资，但没有提交证据予以证明故法院不予采纳。吴某提交的考勤记录证明其每天在单位时间是11.5个小时，在双方均未提交其他证据证明具体休息时间的情况下，结合证人证言及餐饮行业的客观情况，法院认定吴某从14点至17点期间属于休息时间，其每天工作时间8.5小时。
经审查认定2017年8月20日至2018年6月26日吴某每天工作8.5小时，每周延时加班2.5小时，2017年8月20日至2018年6月26日期间延时加班共计111.07小时，延时加班费3159.75元（3300元/月÷21.75天/月÷8小时×111.07小时×150%）。
结合餐饮行业的特殊性，单位安排员工的工作日调休时间可抵扣休息日加班时间，吴某休息日上班44天、抵扣工作日调休15天后，A公司应支付吴某29天休息日的加班工资应为8800元（3300元/月÷21.75天/月×29天×200%）。吴某法定节假日加班7天，法定节假日加班工资3186.21元（3300元/月÷21.75天/月×7天×300%）。上述加班费共计15145.96元。A公司以福利形式向吴某支付了加班补助7760.34元应予以抵扣，故A公司还应支付吴某加班费7385.62元。
二审法院认为：
吴某计算加班费的工资基数问题。加班费基数应是劳动者在正常工作时间提供正常劳动由用人单位支付的全部劳动报酬。因诉讼过程中双方各自提交的不同工资条的金额存在差异且均无法与双方提交的银行交易明细对应，一审认定银行交易明细平均工资3300作为认定工资标准依据并无不当。
休息日加班工资问题，据《劳动法》第四十四条第二项规定，“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬"，可见休息日加班工资的支付条件是休息日加班且没有补休，既然吴某已经补休15天，则应当抵扣，抵扣后休息日加班天数为44天-15天=29天。
延时加班工资问题，吴某主张延时加班，应当对此提出证据证明，虽然打卡时间显示在公司有11.5个小时，但是考虑行业特点及员工吃饭午休时间，一审判决在吴某没有证据证明该期间需要劳动的情况下，认定14点-17点属于休息时间应予扣除，符合客观事实和人的正常认知。故吴某对加班费的上诉理由缺乏事实和法律依据，本院依法不予支持，应予驳回，维持原判。
[律师分析]
吴某2013年10月入职A公司，双方劳动关系成立。2018年6月26日，A公司签收吴某邮寄送达的解除劳动合同申请书后，双方劳动合同解除。
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，吴某于2018年8月20日申请仲裁，故法院认为其关于加班工资的诉讼请求中，2013年至2017年8月19日期间的加班工资已超出仲裁时效，不予支持，支持吴某于提起仲裁之日起往前倒推一年期间的加班工资。
由于综合计算工时制适用条件特殊，用人单位不能仅仅通过劳动合同来约定实行综合计算工时制度，应当经其所在地人社部门审批后才能实行，否则，有可能被劳动者以未经相关部门审批为由引发加班工资纠纷。
四川省内司法实践中，依照《四川省高级人民法院民一庭关于审理劳动争议案件若干疑难问题的解答》中有关规定，也有案件虽工时制未经备案，但因实质用工形式符合综合计算工时制，裁决按综合计算工时计算加班工资。如有问题请联系杨律师团队 13982025613（微信） 更多内容可也可关注团队公众号：fa51cn
[律师建议]
企业实行综合计算工时制应注意哪些情况？
1 首先实行综合计算工时制应经过当地人社部门审批；且对于已获批采用综合计算工时制的岗位，应在期限届满以前申请延续。综合计算工时制有一定的适用范围，企业不能随意安排。
2 其次仍要注意与工会和劳动者进行充分协商，并在职工的劳动合同中写明实行综合计算工时制，否则，有可能被劳动者认为自己所在岗位实行的是标准工时制而导致加班工资纠纷。
3 超过总法定工作时间仍要支付加班费。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，应当按照《劳动法》的规定支付劳动报酬，且延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。超过36小时的即为超时加班，根据《劳动法》的规定，人社部门应当给予警告、责令改正，并可处以罚款。
[法律适用]
《四川省高级人民法院民一庭 关于审理劳动争议案件若干疑难问题的解答》
23.如果劳动者的工作岗位具有不定时工作制或综合计算工时工作制的特点、工作时间无法根据标准工时进行计算，并且其上级单位、行业主管部门已办理了相应岗位、工种的不定时工作制或综合计算工时工作制审批手续的，可以认定审批手续的效力及于该工作岗位。用人单位主张由于劳动者工作性质、工作岗位的特点无法对其实行标准工时制度而实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但未依法履行审批手续的，在计算加班费时，应当结合劳动合同约定、劳动者的岗位性质以及工作要求等因素综合认定。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第六条 【举证责任】发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。
第二十七条 【仲裁时效】劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发〔1994〕503号）
第七条 中央直属企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的，经国务院行业主管部门审核，报国务院劳动行政部门批准。
地方企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的审批办法，由各省、自治区、直辖市人民政府劳动行政部门制定，报国务院劳动行政部门备案。
劳动部关于印发《工资支付暂行规定》的通知 (劳部发〔1994〕489号)
第十三条 用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：
（一）用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150％支付劳动者工资；
（二）用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200％支付劳动者工资；
（三）用人单位依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300％支付劳动者工资。
经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。