审计署“十三五”审计工作发展规划强调要探索开展科目审计。科目审计既是预算执行审计的新方法，也是新的审计组织方式。科目审计的对象是预算支出科目，其组织形式是融合预算执行审计、行业审计、专项资金审计于一身，对三类审计进行有效的整合，审计的指向性更强，审计对象边界更加清晰，审计问题更加系统化。最早审计署曾组织署特派办开展节能环保支出、农林水支出等科目的中央转移支付审计，基层审计机关至今还未正式开展。
一、科目审计的重点
科目审计的对象是以支出功能、科目为载体的财政专项资金联合体，因此，专项资金的审计重点同样适用于科目审计，但科目审计更强调对某类支出的全覆盖。一是审查被审计科目的投入总量、专项资金种类、支出结构和方向、增减变动等总体情况；关注科目资金是否全部落实到部门和地区，重点反映揭示预算安排不细化、资金分配不规范以及分配制度不配套、不完善等原因导致的预算执行率低、影响预算绩效的问题。二是审查项目建设情况。了解项目未实施、未完工、未投产运行等问题及原因，评估完工项目是否达到预期经济、社会效益。三是关注补贴类财政专项资金申领发放环节是否存在违法违规问题。利用数据库分析查询、数据关联比对以及其他各类信息技术手段精准打击各种骗取套取财政补贴资金的行为。四是评价科目资金使用效果。以支出功能和专项目标为依据针对各类专项资金分别制定可以量化的评价指标，对资金使用效益及政策目标实现情况进行客观评价。二、科目审计的难点一是立项难。由于类、款、项三级支出科目多如牛毛，如果审计科目选择不好，费时、费力且效果不佳。二是组织难。科目审计有“三多”特征，即检查的资金多、涉及的专项多、延伸的单位多，需要多处室各类专业审计人员协同配合。三是要求高。为缓解科目审计中审计资源与审计任务量之间的矛盾，在海量数据中实现精准打击，审计人员必须具备较高的信息化审计能力。基层审计机关计算机审计能力有待提高，被审计单位信息化水平参差不齐，很难利用信息系统数据扩大资金和项目审计范围。三、需注意的事项（一）因地制宜、积极探索。要因地制宜，立足于部分重点科目资金。在分析审计年度预算支出规模、结构以及预算来源的基础上，围绕稳增长的政策部署和当地党委政府的中心工作确定审计科目。选择科目切忌贪大求全以致力不从心。要将审前准备工作做精做细，弄清拟审科目支出规模、项目数量及主管单位，科学合理的安排审计资源。在积累了一定的经验且条件允许的情况下，可以逐步尝试多科目联合审计，使科目资金审计的思路和方法逐步加以完善。
（二）精心组织、形成合力。要分工明确，成立财政分析组、数据加工组以及延伸调查组三个小组。财政分析组是牵头小组，负责拟审科目财政层面数据的初步分析，确定重点专项资金和重点调查单位，设计审计基础表格，收集整理与拟审科目和专项资金相关的法律法规，做好小组间信息共享和进度控制工作；数据加工组协助财政分析组做好财政一体化管理信息系统中科目信息的分析工作，按照专项资金所涉及的部门采集各类财务与业务数据并做好数据比对，在最短的时间内明确重点、锁定疑点；延伸调查组是具体落实审计疑点的小组，向财政分析组和数据加工组及时反馈调查结果。科目审计可在每年同级审期间同步开展。
（三）方法创新、事半功倍。要创新方法，提高效率。科目审计不同于对一个部门的预算执行审计，也不同于对一项专项资金的审计，往往一个款级支出科目就是由部门、项目、资金织成的一张网，没有计算机审计就无法厘清头绪，发现规律，审计效率和质量也不会高。在对地区、企业或个人的财政补贴类、扶持类或奖励类的专项资金审计中，由于数据海量且形式多样，计算机审计更是发现违法违规蛛丝马迹的能手。如农林水支出科目审计中利用计算机锁定骗取国家农业支持保护补贴，以及利用卫星图片或地理分析软件锁定农田水利工程造假骗补的行为。
（四）总结提炼、突出效果。科目审计结果是内容非常丰富的信息来源，既可以评价财政预算编制、执行的效果，也可以衡量专项资金主管部门履行职能的优劣，还可以发现专项转移支付本身存在的问题。要善于从科目资金审计结果中挖掘有价值的信息，注重从完善财政预算管理制度的角度提出切实可行的审计建议。